古くから日本のそれぞれの土地で飼養されてきた日本固有の馬を言います。
在来馬の起源については色んな説がありますが、日本に最初に馬が伝わったのは4世紀末、
モンゴルから朝鮮半島を経て、九州へ伝わったとされるのが主流です。
7世紀頃からは官牧と呼ばれる国営牧場で、宮中で用いる馬が放牧されました。
また、国道が作られると、 物資を馬で運ぶようになり、 馬は重要な交通手段となりました。
このほか、軍馬として、または農耕馬として、あるいは神様へ奉納する神馬として、
馬は日本人の生活に着実に根付いてきました。
江戸時代には、馬の名産地は20以上ありましたが、
明治以降、日本在来馬は多くが外国から来た馬と交配され改良が行われてきました。
しかしながら、一部の地域では日本古来の種が 残っており、現存するものは8種とされています。

日本の在来馬はどれも体が丈夫で、粗食に耐え、骨や蹄が堅いため 蹄鉄をはかせる必要がありません。
更に性格も温和で賢いことが特徴です。 そこで、人が移動するための乗用馬として、
荷物を運ぶ馬車馬 として、また、田畑を耕したり農産物を運んだりする農耕馬としてなど、
馬は生活に欠かすことのできない大切な存在でした。
しかしながら、明治以降、車や鉄道の普及、農業の機械化により日本 の在来馬は働く場を失うようになり、
現在では人間が保護しなければ 品種を残すのは難しくなりました。
現在、日本には在来馬保存会は8団体あり、種の保存に努めています。
また、JRAにおいても、 馬事文化発展の一つとして「日本在来種の保存」に取り組んでいます。